С помощью программы 1С Зарплата и Управление персоналом есть возможность формирования отчетов в ФНС, ПФР, ФСС и Росстат. А в случае использования сервиса 1С-Отчетность, можно производить отправку этой отчетности непосредственно из самой программы. При начислении зарплаты можно использовать не только окладную систему оплаты труда, но и сдельную. Программа гибко настраиваема, можно вводить свои виды расчетов, получать расчетные листки и расчетные ведомости, произодить анализ депонированной зарплаты и анализ фонда оплаты труда. 
Более подробное описание программного продукта можете прочитать здесь.